Uno de los proyectos que dejó listo Herbín Hoyos es la naciente Comisión de la Verdad Herbín Hoyos Medina. Se trata de una corporación que trabajará en pro de la verdad histórica que pretende ser maquillada por instituciones diseñadas a la medida de las FARC como es el caso de la JEP.
La prioridad de la Comisión de la Verdad Herbin Hoyos Medina será darle continuidad a todas sus lineas de trabajo, a su investigación sobre el secuestro y en particular a la información que contiene una base de datos con cerca de ochocientos ciudadanos extranjeros que fueron secuestrados por las FARC en las últimas décadas. Esos casos no forman parte de los informes oficiales de la JEP ni de la Comisión de la Verdad creada por Santos y las FARC.