El veedor del patrimonio cultural Francisco Muñoz denunció en su columna en El Expediente como el tesoro del Galeón San José viene siendo saqueado desde el año 2015 sin que aun exista claridad sobre la empresa a contratar para el rescate de uno de los tesoros más valiosos en la historia de la humanidad. Según el veedor ‘las imágenes publicadas de este supuesto hallazgo de 2015, es obvio que este sitio arqueológico ha sido violado, no está intacto. Ya que los cañones están completamente visibles y los otros artículos expuestos […] sin esa cubierta de limo. [Por tanto] es imposible saber qué ha sido saqueado y en qué medida ha sido afectado el campo arqueológico’, El diario ABC de España también se había referido al posible saqueo ocurrido durante el gobierno de Juan Manuel Santos en un artículo publicado en diciembre de 2015 titulado ‘Lo que los arqueólogos descubren en las fotos del galeón San José’
